ファクタリングの手数料は会社によって異なり、さらに3社で行う場合と2社で行う場合でも手数料がかなり違います。3社間だと買取売掛金額に対し1％から5％、2社だと10％から30％と高くなります。一見、3社間の方が安く感じますが、これは売掛先と協議して同意を得てから契約をします。資金繰りが厳しいので売掛金を早期化したいことを協議すると、売掛先は会社が倒産しそうなのかや、これ以上の取引は止めるなど否定的なイメージを感じやすいです。
そのため手数料が高くても多くの会社は2社間ファクタリングを選んでます。例外では、診療報酬債権と介護報酬債権を扱う医療報酬ファクタリングだと社保や国保に債権譲渡通知を行う3社間契約が必須です。これは信頼度が落ちてもその後の取引を止められる心配がないためです。回収リスクも低いため手数料も3％以下なことが多いです。
2者間だと売掛先会社に対し債権譲渡を通知しないため、知られずに進めるには入金先をファクタリング会社の口座に変更出来ないため、予定通りの口座へ振り込ませてから利用会社が送金します。一旦、顧客側口座に振り込まれることは他の用途に転用されたり、返済しないで持ち逃げする可能性もあります。利用会社が経営状況が悪いと支払い前に倒産や入金された時に財産の差し押さえに合う可能性もあります。担保や保証人がいないので、そのリスクのために最大30％の手数料をかけてそれを防いでます。